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大多数动物组织可以用裂解缓冲液和蛋白酶/蛋白酶 K 进行高效裂解。在加入裂解液之前需要将组织切成小块,有条件的话建议使用 TissueLyser 或研钵等提前进行均质化。骨骼肌,心脏,皮肤等组织含有收缩蛋白,结缔组织和胶原蛋白,所以利用蛋白酶 / 蛋白酶 K 进行充分消化是必须的。 FFPE 样本进行 DNA 纯化时需要预裂解。福尔马林可由 PBS 洗涤除去,石蜡可由二甲苯和乙醇进行去除。在蛋白酶消化后提高孵育的温度有助于逆转交联,以便更好的从 FFPE 组织中释放 DNA,从而有助于提高 DNA 产量和改善下游检测性能。 从 FFPE 中得到的 DNA 通常比从新鲜或冻存样本中得到的 DNA 分子量小;DNA 降解的程度则取决于样本类型,储存时间和固定的条件。 | |||
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微量样本中 DNA 的含量很低,通常小于 5 ng DNA, 通常需要使用 carrier RNA 来提高产量(不会影响下游分析检测)。如果需要使用 carrier RNA,那么在测量 OD 的时候会因为使用 carrier RNA 造成浓度测量有偏差(因为 RNA 在 260 nm 也有吸收)。 推荐使用 QIAamp DNA Micro Kit 从微量样本中进行 DNA 纯化,该试剂盒采用 MinElute 硅胶膜柱,洗脱体积可以低至 20 μl,同时通过两步洗涤去除 PCR 抑制剂等污染物,最大程度从微量样本中纯化 DNA。 | |||
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血液样本可以是新鲜或冻存全血或干血片,由于血液样本在采集后会迅速凝固,所以通常在采血时使用 EDTA,柠檬酸盐或肝素进行抗凝。经过抗凝处理的血液样本可以直接用于 DNA 纯化,需要注意的是使用的 DNA 纯化方法需要能够去除上述抗凝剂,以免干扰下游 PCR 检测。全血也可以在 DNA 纯化前先进行白细胞富集等再进行 DNA 纯化。 从血液中纯化 DNA 的产量很大程度上取决于血液中的白细胞数量,而白细胞数量则和血液的供体情况有很大关联(如贫血或感染都会造成白细胞数量变化)。上述情况必须在进行 DNA 纯化前就应该考虑到。此外,有些动物有有核血,这意味着这类样本中含有更多的 DNA,在从此类血样中纯化 DNA,上样量需要减少 10 倍左右。 | |||
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以上信息来源于QIAGEN 官网。 |
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