目前已有多篇m6Am文章在高分期刊进行了报道（如表1），2017年《Nature》上发表了一篇m6Am在5‘端修饰影响mRNA稳定性的文章，说明了m6Am在mRNA修饰在生命过程中的重要作用。但针对m6Am修饰的研究仍有很大空缺，云序基于m6Am在mRNA上帽端修饰的特点开发出了m6Am-exo-seq技术，可高效准确的鉴定m6Am的修饰位点及修饰水平，为想要研究m6Am RNA修饰的客户提供坚实的技术基础！
表1:m6Am修饰已发表文章
m6Am-exo-seq研究技术
A. 技术原理
首先将RNA样品片段化为200nt左右的片段，利用5‘外切酶消化不包括帽子结构的RN**段，使具有帽子结构的RN**段富集。然后对富集的RN**段进行m6A抗体的免疫沉淀反应，从而富集发生m6Am修饰的RN**段。对IP富集的产物进行PCR扩增及纯化，纯化后进行文库质检，之后上机测序。根据测序结果分析m6Am甲基化富集峰情况。
B.m6Am-exo-seq流程
图1：m6Am-exo-seq流程图
C.m6Am-exo-seq质控
1. RNA定量质控
使用 NanoDrop ND-1000 仪（Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA, USA）测量每个样品 的RNA浓度。以OD260/OD280值作为RNA纯度指标。使用变性琼脂糖凝胶电泳测量 RNA 完整性和 gDNA 污染。
2. 文库2100质控
通过Agilent生物分析仪对测序文库进行质控。
1. 甲基化位点识别
Start：甲基化位点（峰）在基因组上的起始坐标
End：甲基化位点（峰）在基因组上的终止坐标
Peak ID：甲基化位点的编号
Score：甲基化位点的得分
PeakLenght：甲基化位点的长度
fold_enrichment：富集倍数
FDR：甲基化位点的 FDR
2. 差异甲基化位点识别
Start：甲基化位点（峰）在基因组上的起始坐标
End：甲基化位点（峰）在基因组上的终止坐标
Peak ID：甲基化位点的编号
Score：甲基化位点的得分
PeakLenght：甲基化位点的长度
Foldchange：差异甲基化位点差异倍数
FDR：甲基化位点的 FDR
3. 差异甲基化基因GO分析
top 10显著富集的GO条目
4. 差异甲基化基因KEGG分析
富集的KEGG通路
E.m6Am-exo-seq样品要求
RNA: > 30-300 ug
血浆：> 5 mL
细胞：> 2 x 107
组织：> 100 mg
其他样品类型咨询021-64878766当地销售
m6Am测序文章解读
题目：PCIF1催化m6Am mRNA甲基化调控基因表达
发表期刊：Molecular Cell
影响因子：17.97
文章链接：PCIF1 catalyzes m6Am mRNA methylation to regulate gene expression
mRNA修饰在调控基因表达中起着重要作用。其中m6Am是RNA修饰中一种丰度的修饰类型。本文中作者证明m6Am是由磷酸化的CTD作用因子1（PCIF1）介导的较为保守的mRNA修饰，它催化位于mRNA 5'端的RNA发生m6Am修饰。此外，PCIF1在体外和体内只催化5 端' m6Am的甲基化，而不催化m6A的内部甲基化。为了研究m6Am的生物学作用，作者利用m6Am-exo-seq表现了其转录组范围内的m6Am修饰情况，结果发现m6Am不会改变mRNA的转录或稳定性，但会对甲基化mRNA的帽依赖性翻译产生负面影响。因此本文鉴定了唯一的人类m6Am mRNA甲基转移酶PCIF1，并证明了PCIF1介导的m6Am mRNA甲基化的基因调控机制。
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