高通量蛋白互作检测是系统解析细胞信号通路、理解蛋白功能与生物网络机制的关键步骤。其中，亲和纯化质谱（Affinity Purification-Mass Spectrometry, AP-MS）作为目前蛋白互作研究中最可靠、最具生理相关性的技术之一，已经被广泛应用于哺乳动物细胞、模式生物、疾病模型等多种体系中。

一、什么是AP-MS？原理与优势解析

1、AP-MS技术原理

AP-MS是一种基于抗体识别或标签亲和纯化的方法，用于从复杂样本中富集目标蛋白（bait）及其互作伙伴（prey），随后通过质谱分析鉴定互作蛋白复合物。

基本流程如下：

（1）表达含标签的目标蛋白（如Flag、HA、Strep、BioTag等）；

（2）细胞裂解并进行亲和纯化，保留与目标蛋白形成复合物的互作蛋白；

（3）洗脱复合物并进行蛋白酶解（通常为胰蛋白酶）；

（4）使用LC-MS/MS进行质谱分析，鉴定肽段和蛋白质；

（5）生信分析过滤非特异性结合物，构建高置信度互作网络。

2、AP-MS相比传统方法的优势

（1）高特异性：通过标签或抗体纯化目标蛋白，显著减少背景信号；

（2）高通量：结合自动化平台与质谱，可以同时处理数百个样本；

（3）接近生理状态：在细胞内完成复合物组装，减少人工干预引起的假阳性；

（4）定量能力强：可引入标签定量（如TMT/iTRAQ）或标记自由定量（LFQ）策略。

二、如何设计一套高效的AP-MS互作检测实验？

1、目标蛋白（Bait）的选择与标签策略

选择目标蛋白应考虑其表达水平、结构特点、亚细胞定位等因素。标签的选择尤为关键，常见策略包括：

2、实验系统与蛋白表达方式

（1）对于低表达内源蛋白，建议使用过表达系统结合标签纯化；

（2）对于内源互作研究，推荐CRISPR knock-in标签保留天然调控机制；

（3）细胞模型的选择（HEK293、HeLa、肿瘤细胞系、干细胞等）需结合研究目的。

3、纯化体系优化

亲和纯化的核心在于最大程度保留真实互作，同时清除非特异性结合蛋白。关键参数包括：

（1）缓冲液组成：生理盐浓度/去污剂浓度（如NP-40、Triton X-100）影响复合物稳定性；

（2）洗脱方式：竞争洗脱 vs 酸洗脱 vs 酶切洗脱（如Flag peptide、Strep-e。

三、质谱分析策略：定性 + 定量 + 数据过滤

1、LC-MS/MS平台选择

（1）高分辨率质谱（如Orbitrap Exploris 480, QE HF-X）适合复杂样本分析；

（2）建议使用纳流LC-MS系统提高灵敏度，尤其适合低丰度互作蛋白检测。

2、定量策略：LFQ vs TMT

3、如何识别真互作 vs 非特异性背景？

（1）设置适当对照组（如空载体、非相关蛋白）；

（2）引入SAINT、MiST、CompPASS等算法计算互作置信度；

（3）结合CRAPome数据库过滤已知背景蛋白；

（4）使用生物学重复验证互作稳定性。

四、数据解读与互作网络构建

1、富集分析与网络可视化

（1）使用GO/KEGG通路分析预测互作复合物功能；

（2）构建PPI网络（如Cytoscape），识别关键Hub蛋白；

（3）联合其他组学（如转录组、磷酸化组）深化机制解析。

2、验证关键互作

（1）Co-IP、Western blot验证核心互作；

（2）使用CRISPR knockdown观察互作破坏后的功能变化；

（3）药物干预或突变体功能实验支持互作的生物学意义。

五、百泰派克生物科技在AP-MS领域的技术优势

作为国内领先的组学科研服务品牌，百泰派克生物科技在蛋白互作检测领域已完成数百例AP-MS项目，涵盖：

• 肿瘤信号通路互作组绘制
• 表观修饰酶的复合物鉴定
• 药物作用靶点的互作筛选
• 干细胞命运调控网络分析

我们提供从实验设计 → 蛋白表达 → 亲和纯化 → 质谱分析 → 生信解读的一站式服务，助力客户高效开展蛋白互作研究。

使用AP-MS进行高通量蛋白互作检测，需要在实验设计、纯化策略、质谱平台、数据分析等多个环节进行精细优化。通过科学的流程与专业的技术支持，可以获得高可信度的蛋白互作网络图谱，深入揭示生命过程中的动态调控机制。如果您正在探索某一蛋白的互作网络、绘制信号通路图谱或寻找潜在药物靶点，欢迎咨询百泰派克生物科技，我们将以高标准的实验平台与专业的技术团队，为您的科研项目保驾护航。

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百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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